Etiologia niedomykalności mitralnej może mieć charakter organiczny, jeśli proces chorobowy uszkadza elementy zastawki, lub czynnościowy, gdy sama zastawka nie jest uszkodzona, a jej niedomykalność powstaje w wyniku zmiany konfiguracji aparatu mitralnego. Często oba typy zaburzeń współistnieją i ścisła klasyfikacja jest niemożliwa.
Podczas skurczu komory zamknięta zastawka mitralna zapobiega cofaniu się krwi do przedsionka mimo znacznego wzrostu ciśnienia w lewej komorze. Prawidłowe funkcjonowanie zastawki zależy od prawidłowej niezmienionej struktury oraz prawidłowego funkcjonowania i czynności pierścienia, płatków, strun ścięgnistych i mięśnia lewej komory, w tym mięśni brodawkowatych.